O Serviço Médico do Hospital do Policial Militar possui sete divisões e a Comissão de Controle de Infecção Hospitalar. Segundo o Regimento Interno do Comando de Saúde da Polícia Militar de Goiás, a esta unidade compete cumprir e fazer cumprir o regulamento do Hospital, planejar as atividades a serem desenvolvidas e estabelecer sistemas de controle para avaliação da qualidade dos serviços prestados.
Também é a responsável por supervisionar as atividades das Seções, resolvendo problemas e implantando normas necessárias ao bom desempenho do serviço, além de convocar periodicamente, e presidir, as reuniões com os chefes das seções médicas.
O Comandante do Serviço Médico será um Coronel QOSPMGO do quadro de médicos, da ativa ou, na ausência deste, um Tenente-Coronel QOSPMGO do quadro de médicos da ativa. Já os Chefes de Divisão e do Centro Cirúrgico serão Oficiais Superiores QOSPMGO do quadro de médicos da ativa, enquanto o Diretor clínico será um Coronel QOSPMGO ou Tenente-Coronel QOSPM do quadro de médicos da ativa; e o Diretor Técnico será um Coronel QOSPMGO ou um Tenente Coronel QOSPMGO do quadro de médicos da ativa.
Cabe ao comandante desta unidade coordenar todas as atividades das seguintes divisões médicas:
- Divisão de Medicina Interna (ambulatório)
- Divisão de Pediatria
- Divisão do Pronto Atendimento
- Divisão de Diagnóstico Clínico e de Imagem
- Centro Cirúrgico
- Divisão de Medicina do Trabalho
- Divisão do Serviço Médico no Interior.
- Comissão de Controle de infecção Hospitalar (CCIH)